Chương trình giáo dục của HNS được định hướng bởi thuyết đa trí thông minh (Theory of Multiple Intelligences) của Howard Gardner; theo đó, con người có nhiều dạng trí tuệ hay năng lực khác nhau và có thể chia thành 9 nhóm cơ bản đó là: Trí thông minh Logic, Trí thông minh ngôn ngữ, Trí thông minh vận động, Trí thông minh tương tác, Trí thông minh âm nhạc, Trí thông minh thị giác - không gian, Trí thông minh nội tâm, Trí thông minh thiên nhiên, Trí thông minh hiện sinh. Trường học phải là nơi giúp học sinh có cơ hội phát triển ở tất cả các nhóm năng lực này theo một cách riêng biệt của từng học sinh, không thể chỉ là nơi trao kiến thức đơn thuần và chỉ giới hạn ở một số môn học nhất định.

Tin rằng mỗi người đều có năng khiếu, thế mạnh, tài năng theo một cách riêng biệt nên không thể áp dụng chuẩn mực chung, cách thức học chung cho mọi học sinh, Chương trình giáo dục của HNS hướng đến việc tạo điều kiện giúp từng học sinh có cơ hội phát triển năng lực nổi trội riêng của mình, biết sử dụng thế mạnh của mình để học tập và làm việc một cách hiệu quả hơn. Để làm được điều đó, HNS một mặt tuân thủ Chương trình giáo dục Quốc gia, một mặt đưa vào những môn học khác nhằm giúp học sinh phát triển các năng lực khác nhau. Ngoài ra, các giờ học ngoại ngữ với người nước ngoài, học STEM theo chương trình do Chính phủ Hoa Kỳ tài trợ, sinh hoạt ngoại khóa và các câu lạc bộ sở thích vv… cũng đóng góp một phần quan trọng giúp học sinh có cơ hội rèn luyện và thể hiện năng lực của bản thân. Tập trung quan tâm và hỗ trợ từng cá nhân học sinh chính là lý do HNS giữ quy mô lớp học thấp hơn nhiều so với chuẩn mực chung theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo.